Историјата на градот Скопје е долга, славна и полна со бројни непогоди и разурнувања. Најстарите археолошки пронајдоци сведочат дека просторот на денешно Скопје бил населен уште околу 4000 година п.н.е. Скопје за првпат се споменува во пишани извори кај географот Клавдиј Птоломеј, под името Скупи. Името Скупи (што значи колиба, засолниште, стреа) првично се поврзува со пајонското племе Агријани (или Граи), кои живееле во овој регион. Според историските податоци, за време на владеењето на царот Октавијан Август, од 13 до 11 година п.н.е., Скупи се развил од воен логор (каструм) на две римски легии — Петтата македонска и Четвртата скитска легија — во организиран град. Подоцна, во 84 или 85 година, царот Домицијан (81 – 96) го основал градот Колонија Флавија Скупи, кој добил римски самоуправни права и станал најголем град во регионот меѓу Солун на југ и Дунав на север. Во тој период, градот доживеал значаен развој и станал црковен центар со свој епископ. Сепак, во 518 година, Скупи бил целосно разрушен од катастрофален земјотрес — прв од неколкуте што го погодиле Скопје низ вековите (особено оние во 1550 и 1963 година). По земјотресот, градот бил напуштен, и се преселува на денешното Кале. Нашиот фокус, сепак, е на средновековната историја на Скопје, кога градот, иако често во сенка на поголемите империјални центри, доживува нов процут. Во текот на средниот век, Скопје повторно станува важен административен, трговски и културен центар, стратешки поставен на крстопатот меѓу Истокот и Западот.
Познато е дека за време на владеењето на цар Самоил (958 – 1014), Скопје бил важен центар во неговото царство. Во 1004 година, на бреговите на реката Вардар, се одиграла битка помеѓу војските на Самоил и византискиот цар Василиј II. Во оваа битка, војската на Самоил била поразена, а заробени биле неговиот шатор и целиот логор. По падот на Самоиловата држава и освојувањето на Скопје од страна на Византијците, градот станал центар на една поголема административна единица – тема. Во 1040 година, Скопје станало почетна точка на востанието организирано од Петар Делјан против византиската власт. Во 1072 година, повторно дошло до бунт, предводен од Ѓорѓи Војтех, поддржан од локалната аристократија. Во 1082 година, Скопје било освоено од норманските одреди предводени од Пунтесиј, и останало под нивна контрола до 1088 година. Во 1097 година, градот бил повторно освоен од војските на херцогот Боемунд Тарентски. За време на владеењето на византиската династија на Комнените, Скопје доживеало стабилност и развој. Во 1164 година е изградена најстарата зачувана црква во Скопската област – Св. Пантелејмон во манастирот Нерези. Ктитор на оваа црква бил византискиот принц Алексеј Комнин, син на Константин Ангел и Теодора – ќерка на царот Алексеј I Комнин (1081 – 1118). Алексеј бил соработник на царот Мануил I (1143 – 1180), и брат на дуксот Јован Ангел, административен управител на Скопје. Во втората половина на XII век, градот се развива како важен граничен центар на Византиското Царство. Во 1190 година, Скопје било освоено од српскиот жупан Стефан Немања, а во 1204 година – од бугарскиот цар Калојан. По неговата смрт, македонските земји се отцепуваат од Бугарија, а во Скопје владее болјарот Стрез.



